Sejak tahun 1983, Direktorat Jenderal Pajak (DJP) telah berinisiatif melakukan reformasi di bidang administrasi perpajakan untuk meningkatkan kepercayaan Wajib Pajak melalui pemberian pelayanan yang berkualitas. Hal ini ditandai dengan reformasi di bidang peraturan perundang-undangan dengan menerapkan sistem self assesment serta perubahan struktur organisasi yang lebih mengutamakan aspek pelayanan kepada Wajib Pajak, dimulai dengan perubahan Kantor Inspeksi Pajak menjadi Kantor Pelayanan Pajak (KPP).

Seiring dengan berjalannya waktu ternyata struktur organisasi KPP yang berdasarkan jenis pajak mengakibatkan duplikasi pekerjaan, ketidakefisienan, serta cenderung menyulitkan Wajib Pajak dalam memenuhi kewajiban perpajakannya. Selain itu, tidak adanya petugas khusus yang memberikan pelayanan dan pengawasan kepada Wajib Pajak mengakibatkan komunikasi antara Wajib Pajak dengan fiskus menjadi tidak efektif.

Sebelum tahun 2000 DJP telah mencanangkan pelayanan dan pengawasan secara khusus terhadap pemenuhan kewajiban perpajakan bagi 100 pembayar pajak terbesar di setiap KPP, dan sejak tahun 2001 Direktur Jenderal Pajak telah menginstruksikan kepada seluruh jajaran kantor unit vertikal DJP untuk menguasai permasalahan Wajib Pajak yang diadministrasikannya. Program ini dikenal dengan nama Knowing Your Taxpayers yang merupakan salah satu program cetak biru (blue print) DJP. Dalam rangka mensukseskan program pengawasan 100 Wajib Pajak terbesar dan Knowing Your Taxpayers tersebut, pimpinan DJP menginstruksikan untuk melakukan pelayanan dan pengawasan secara intensif terhadap 100 Wajib Pajak terbesar di masing-masing KPP. Konsep ini merupakan cikal bakal munculnya fungsi Account Representative di KPP Wajib Pajak Besar yang berdiri pada tahun 2002.

Pembentukan Kanwil DJP Wajib Pajak Besar diawali dengan dibentuknya Kanwil XIX DJP Wajib Pajak Besar berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 65/KMK.01/2002 tanggal 27 Pebruari 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak Wajib Pajak Besar dan Kantor Pelayanan Pajak Wajib Pajak Besar. Kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 587/KMK.01/2003 tanggal 31 Desember 2003 Kanwil XIX DJP Wajib Pajak Besar diubah menjadi Kanwil DJP Wajib Pajak Besar.
Adapun tujuan dari pembentukan Kanwil DJP Wajib Pajak Besar adalah :

1. modernisasi administrasi perpajakan
2. meningkatkan pelayanan
3. meningkatkan pengawasan secara individual
4. meningkatkan citra DJP
5. mencegah penyalahgunaan wewenang

Konsep:
Kanwil dan KPP Wajib Pajak Besar mengkonsentrasikan sejumlah Wajib Pajak besar dengan cara pelayanan dan pengawasan modern dalam suatu wadah yang terkendali (controlled environment).

Ciri-ciri:

1. Organisasi Kanwil dan KPP Wajib Pajak Besar disusun berdasarkan fungsi, yang meliputi fungsi penyuluhan, pelayanan, pengawasan, pemeriksaan, dan penagihan;
2. Seorang staf DJP (account representative) akan bertanggungjawab melayani dan mengawasi seluruh hak dan kewajiban perpajakan Wajib Pajak tertentu sehingga Wajib Pajak akan mendapat kemudahan pemenuhan hak dan kewajiban perpajakannya;
3. Fungsi keberatan dan penyidikan Wajib Pajak berada di Kanwil DJP Wajib Pajak Besar sementara fungsi penyuluhan, pelayanan, pengawasan, pemeriksaan dan penagihan Wajib Pajak berada di KPP Wajib Pajak Besar.

Untuk memberikan pelayanan dan pengawasan yang lebih baik, DJP memerlukan dukungan teknologi informasi yang memadai. Sejalan dengan perkembangan teknologi informasi dan organisasi DJP, Sistem Informasi Perpajakan (SIP), yang digunakan sejak tahun 1994, sudah tidak memadai untuk melayani dan mengawasi Wajib Pajak secara menyeluruh. Oleh karena itu dalam pembentukan Kanwil dan KPP WP Besar pada tahun 2002, SIP dikembangkan menjadi Sistem Administrasi Perpajakan Terpadu (SAPT) yang berbasis struktur organisasi berdasarkan fungsi.

Selain itu, masih terdapat kelemahan dalam sistem pelaporan Wajib Pajak yaitu pelaporan secara manual mengharuskan fiskus untuk melakukan perekaman ulang yang rawan kesalahan serta memerlukan sumber daya yang tidak sedikit. Melalui pengembangan teknologi informasi, DJP mengembangkan beberapa program yang bertujuan untuk meningkatkan pelayanan kepada Wajib Pajak berupa e-SPT dan e-Filing. Dalam sistem pembayaran pajak juga ditemukan beberapa masalah antara lain pemalsuan Surat Setoran Pajak (SSP). Untuk mencegah hal ini, DJP mengembangkan sistem pembayaran secara elektronik yang dikenal dengan sistem Monitoring Pelaporan Pembayaran Pajak (MP3).

Reformasi di bidang administrasi perpajakan terus berlanjut, dan pada tahun 2001 DJP mengusulkan program reformasi yang dapat meningkatkan kepercayaan Wajib Pajak terhadap sistem perpajakan, yang pada gilirannya dapat menghasilkan tambahan penerimaan pajak. Program reformasi dimaksud menjadi landasan bagi program reformasi yang lebih luas di tahun-tahun mendatang.

Dalam konteks program reformasi ekonomi Indonesia yang didukung oleh IMF, Bank Dunia dan Badan-Badan internasional lainnya, pemerintah bertujuan untuk mencapai pengetatan fiskal yang signifikan dengan cara mengurangi defisit yang semula diprakirakan sebesar 3,75 % dari PDB dalam tahun 2001 menjadi 2,5 % di tahun 2002. Untuk mencapai pengurangan tersebut, telah diidentifikasi empat kebijakan strategis DJP yaitu:

• Membentuk Kanwil dan KPP Wajib Pajak Besar di dalam organisasi DJP untuk mengadministrasikan sejumlah kecil wajib pajak yang secara kolektif memberikan sumbangan penerimaan terbesar.
• Merancang sistem otomasi baru dengan Direktorat Jenderal Anggaran (DJA) untuk memproses konfirmasi pembayaran pajak dan Surat Pemberitahuan yang memungkinkan bank untuk menginformasikan pembayaran pajak kepada otoritas DJP dalam waktu 24 jam serta mempercepat proses pencatatan penerimaan pembayaran pajak yang dilakukan oleh wajib pajak.
• Mengembangkan rencana pemeriksaan nasional yang akan menetapkan jumlah dan jenis pemeriksaan yang akan dilakukan dalam berbagai kelompok wajib pajak berdasarkan target pemeriksaan yang mencakup 15 persen dari jumlah wajib pajak besar dan menengah serta pelaksanaan pemeriksaan berdasarkan kriteria seleksi berlandaskan informasi dari pihak lainnya, misalnya informasi dari Direktorat Jenderal Bea dan Cukai (DJBC). Kegiatan pengembangan pemeriksaan meliputi pembangunan sistem pertukaran informasi secara berkala dan sistematis dengan DJBC secara elektronis agar data PEB, PIB, PPh Pasal 22, PPN dan PPn BM, dan informasi lainnya dapat diperoleh DJP dalam waktu singkat dan akurat.
• Mempersiapkan rencana penagihan tunggakan pajak yang dapat mengurangi jumlah saldo tunggakan pajak dari 1000 (seribu) penunggak pajak terbesar sebesar 25 persen dalam tahun 2002.

Untuk merealisasikan keempat kebijakan strategis tersebut di atas, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 70 /KMK.03/2002 tanggal 5 Maret 2002 telah dibentuk Tim Kerja Tindak Lanjut Kesepakatan Baru Pemerintah Republik Indonesia dengan International Monetary Fund Tanggal 13 Desember 2001 (Tim Kerja) dengan susunan sebagai berikut:

Ketua Tim	Petronius Saragih
Sekretaris Tim	Robert Pakpahan Kismantoro Petrus
Ketua Subtim Kanwil dan KPP WP Besar	Dedi Rudaedi
Ketua Subtim Sistem Pelaporan dan Pembayaran Pajak	Rafianto
Ketua Subtim Kebijakan Pemeriksaan	Sri Hartono
Ketua Subtim Penagihan Tunggakan Pajak	Dicky Hertanto